Семья Годуновых выдвинулась на политическую авансцену в опричные годы царствования Ивана Грозного. Борис Годунов, начав службу при дворе, благодаря уму и воле сумел стать шурином царя Фёдора Иоанновича и фактическим правителем государства. После смерти бездетного Фёдора в 1598 году Земский собор избрал Бориса царём, что стало вершиной могущества рода.
Однако правление Бориса Годунова и его сына Фёдора было омрачено Великим голодом и Смутой. После смерти Бориса в 1605 году шестнадцатилетний Фёдор II, юноша выдающихся способностей, был провозглашён царём, но через несколько недель свергнут и убит сторонниками Лжедмитрия I. Гибель Фёдора Борисовича и его семьи в 1605 году прервала прямую мужскую линию династии. В последующие годы Смуты имя Годуновых использовалось как знатный, но уже исторический символ, пока в 1613 году собор не избрал на царство Михаила Романова, чья тётка была замужем за Фёдором Годуновым, что отчасти позволило рассматривать новую династию как наследницу прежних законных традиций.